23 Hurtado de Mendoza llegó al San José a las siete de la mañana del día 18. La vista del galeón era desoladora, estaba tumbado hacia el costado de babor, con los mástiles cortados y la gente agrupada en el castillo, el alcázar y la banda de estribor. Al amanecer, con los bateles y el bote, llevaron a toda la gente hasta la capitana, con la única pérdida personal de un hombre que se había arrojado al agua con un talego de reales sin que se pudiera hacer nada para poder rescatarle. En las declaraciones que hizo el general después del naufragio subrayó que la colisión del San José se produjo en la parte sin ninguna sospecha de bajos. El mismo piloto del San José junto a otras personas que habían navegado la Mar del Sur dejaron testimonio también de que habían traído siempre el rumbo y derrota presente (…), sin haber reconocido bajo alguno, ni reconocido por vista ni demarcación derrotero ni carta de marear (…). Al día siguiente, jueves 19, el general mandó a la capitana que siguiera el viaje hasta el puerto de Perico y él se embarcó con el piloto, el almirante y el capitán en el batel para ir al San José. Pero ese mismo día, ocurrió algo inesperado y muy poco frecuente. La parte baja del galeón con la mayor parte de la carga se desgajó y quedó bajo el agua, mientras el resto del navío, con las cubiertas, la artillería, el castillo y el alcázar, era empujado por las corrientes en dirección noroeste. Desde el Loreto, que navegaba ya hacia Perico vieron cómo las cubiertas de la nao perdida venían siguiéndonos. Entonces, enviaron su lancha para inspeccionar los restos flotantes del San José, mientras el general balizaba la parte del barco que estaba bajo el agua, a escasos metros de profundidad. El viernes día 20 por la mañana, el batel llegó a los restos flotantes del San José y trató de remolcarlos hacia una playa con poco fondo. La capitana, mientras tanto, siguió su navegación hasta el puerto de Perico para Mapa del Golfo de Panamá en el siglo S.XIX donde se indica el bajo de San José
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