22 Según lo planificado, el día 10 de junio alcanzaron la ciudad de Manta. Un chinchorro llegado de Panamá había dejado en esta población noticia de que no había enemigo alguno entre este puerto y Panamá. Bernardino envió un mensaje de respuesta al gobernador de Panamá informándole de su salida inmediata hacia las tierras del istmo y ordenó partir sin más demora a toda fuerza de vela. Una semana después, el 17 de junio, los dos barcos y la pequeña lancha avistaron a babor la isla de La Galera y a estribor la punta Garachiné, señal inequívoca de que entraban en el Golfo de Panamá por el lugar correcto. Ya solo quedaba una última jornada de navegación para llegar al puerto de Perico. Al atardecer, el piloto del Loreto ordenó a la lancha que navegase por delante para ir tomando la profundidad con la sonda, pero las fuertes corrientes hicieron que se perdiera de vista. Ante el temor de colisionar con algún bajo a pesar de tener la seguridad de que la cartografía no marcaba ningún peligro, Hurtado de Mendoza ordenó que los dos galeones redujeran la marcha. Quería buscar una zona con una profundidad adecuada para fondear las dos naves y esperar hasta el día siguiente. A las nueve y media de la noche, la nave capitana largó el ancla para fondear en el lugar elegido. De repente, se oyó un disparo de cañón pidiendo ayuda que provenía del San José. Aquel sonido sobrecogió a la tripulación del Loreto. Hurtado de Mendoza ordenó echar el batel al agua inmediatamente y él mismo se embarcó rumbo al San José para averiguar qué sucedía. Lo que había ocurrido lo sabemos hoy día gracias a los testimonios de los embarcados en el San José que contaron su vivencia en los juicios posteriores al naufragio. Según estos testimonios, la almiranta había tocado fondo, se le había abierto una vía de agua y había empezado entrar agua en el casco inundando las sobrecargadas bodegas. Dibujo de un galeón del siglo XVII Plano-Nuestra.
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